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【10x Genomics】Visium 获选为2020年度技术啦!

万众瞩目的 Nature2020年度技术 诞生啦!

Natrue文章连结:https://www.nature.com/articles/s41592-020-01033-y

今年Method of the Year 2020的得主颁给着重强调了空间分辨的转录组学,空间转录组学不仅能够解开并阐明单细胞异质性并定义细胞类型,同时还保留空间信息。

2019年的年度技术:单细胞多峰组学,借此发现跨基因组之间的关系以及记录动态生物学事件方面的巨大影响;而2020年,Nature则选择着重于强调空间分辨的转录组学:透过空间转录组学不仅能够在定义细胞类型的同时,解开并阐明单细胞异质性,还可以保留空间讯息。

空间背景讯息的保留,无论是对于探索细胞生物学、发育生物学、神经生物学、肿瘤生物学等方面都属至关重要。特定组织内的特定细胞类型,与生物学特性息息相扣,科学家仍持续朝向探索完整组织和器官努力前进。因此,大型计划 (例如:人类细胞图谱(Human Atlas)和BICCN) 正在利用带有空间解析度的转录组学技术,以建构出完整的大型复杂组织(如人脑)的完整图谱。

Nature的文章中介绍了空间分辨的发展图谱技术之发展:瑞典KTH的 Ståhl博士和Salmén博士合作开发一种空间分析方法,可以对完成固定的染色的组织成像后进行透化:藉由条形码寡核苷酸附着在组织下方的阵列上,捕捉细胞释放的mRNA,并将它们固定在组织中的位置,反转录后,再进行cDNA的建库定序。位置条形码则负责提供了空间解析的转录组信息。此方法的解析度最终为100 µm,即数十颗细胞。

条形码寡核苷酸的空间转录方法由一家名为Spatial Transcriptomics的公司进行了商业化,该公司于2018年被10x Genomics收购,并改良产生了更高解析度(55µm,一到十颗细胞)的Visium产品。

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