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【10x Genomics】Visium 獲選為2020年度技術啦!

萬眾矚目的 Nature2020年度技術 誕生啦!

Natrue文章連結:https://www.nature.com/articles/s41592-020-01033-y

今年Method of the Year 2020的得主頒給著重強調了空間分辨的轉錄組學,空間轉錄組學不僅能夠解開並闡明單細胞異質性並定義細胞類型,同時還保留空間信息。

2019年的年度技術:單細胞多峰組學,藉此發現跨基因組之間的關係以及記錄動態生物學事件方面的巨大影響;而2020年,Nature則選擇著重於強調空間分辨的轉錄組學:透過空間轉錄組學不僅能夠在定義細胞類型的同時,解開並闡明單細胞異質性,還可以保留空間訊息。

空間背景訊息的保留,無論是對於探索細胞生物學、發育生物學、神經生物學、腫瘤生物學等方面都屬至關重要。特定組織內的特定細胞類型,與生物學特性息息相扣,科學家仍持續朝向探索完整組織和器官努力前進。因此,大型計劃 (例如:人類細胞圖譜(Human Atlas)和BICCN) 正在利用帶有空間解析度的轉錄組學技術,以建構出完整的大型複雜組織(如人腦)的完整圖譜。

Nature的文章中介紹了空間分辨的發展圖譜技術之發展:瑞典KTH的 Ståhl博士和Salmén博士合作開發一種空間分析方法,可以對完成固定的染色的組織成像後進行透化:藉由條形碼寡核苷酸附著在組織下方的陣列上,捕捉細胞釋放的mRNA,並將它們固定在組織中的位置,反轉錄後,再進行cDNA的建庫定序。位置條形碼則負責提供了空間解析的轉錄組信息。此方法的解析度最終為100 µm,即數十顆細胞。

條形碼寡核苷酸的空間轉錄方法由一家名為Spatial Transcriptomics的公司進行了商業化,該公司於2018年被10x Genomics收購,並改良產生了更高解析度(55µm,一到十顆細胞)的Visium產品。

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